Paradajz, iako omiljeno ljetno povrće, nije bezazlen za sve. Osobe s alergijama ili netolerancijom mogu doživjeti alergijske reakcije ili probavne smetnje. Oksalati u paradajzu mogu doprinijeti stvaranju bubrežnih kamenaca kod predisponiranih osoba. Kiseline iz paradajza često iritiraju želudac, pogoršavajući gastritis ili čir.

Kod refluksa kiseline, paradajz može izazvati ili pojačati simptome gastroezofagealne refluksne bolesti. Osobe s histaminskom intolerancijom trebaju biti oprezne jer paradajz sadrži histamin koji može izazvati neželjene reakcije. Zeleni dijelovi biljke, poput stabljika i lišća, sadrže toksični alkaloid koji može biti štetan u većim količinama.

Nedozreli plodovi paradajza imaju više solanina, potencijalno toksičnog za ljude. Također, paradajz može stupiti u interakciju s inhibitorima monoaminooksidaze (MAO), što dovodi do neželjenih efekata. Svjež paradajz nosi rizik od bakterijske kontaminacije salmonelom ili E. coli, što može uzrokovati gastrointestinalne infekcije.